目前，在我國合同法律制度中，僅有保險合同、銀行儲蓄合同兩類格式合同需要向監督管理機構備案。根據保險法第107條的規定，保險公司經營的保險險種分為兩類：一類是應當報保險監督管理機構審批的，包括關系社會公眾利益的保險險種、依法實行強制保險的險種、新開發的人壽保險險種以及其他應當報批的險種;另一類是應當報保險監督管理機構備案的，不屬于第一類的險種。對于為這兩類險種制作的保險合同需要備案的性質，中國保險監督管理委員會將它們區分為“事前備案”與“事后備案”。所謂“事前備案”是指保險公司向保險監管機關送達條款和費率備案申請，經保險監管機關準予受理后方可使用的備案形式。所謂“事后備案”是指保險公司在開始銷售保險產品后一周內，將其使用的條款與費率以正式文件的方式報送保險監管機關，保險監管機關在審核該條款沒有違反法律法規、社會公共道德和出現歧視性內容的情況下，不需批復的備案形式。
顯然，特許經營合同備案的性質應當與“事后備案”的保險合同大致相同。因此可以確定：
(1)特許經營合同具有格式條款的性質
“格式條款是當事人為了重復使用而預先擬定，并在訂立合同時未與對方協商的條款”(參見合同法第39條2款)。特許人與被特許人在簽訂特許經營合同時，從合同地位上來講雙方是平等的，合同當事人雙方應當就合同條款進行協商，達成一致意見后再簽訂合同。不過，如同金融業使用的借款合同、保險合同一樣，特許經營合同也是由特許人預先制作的，是表現特許人意志的文書，并且，是以就相同的內容與多數被特許人簽訂為目的的。因此，在特許加盟交涉過程中，除去個別條款可做調整外，特許經營合同書的內容原則上是不能變更的。這樣，對被特許人而言，只有拒絕合同或接受合同的自由，而很少有修改合同的機會。具有如上特許經營合同類似性質的合同，日本法上稱為“附合契約”，德國法上稱為“約款”或“普通契約條款”，在我國，則稱其為格式條款。
目前，世界各國都在積極制定有關規制“約款”的法律，代表立法例是德國的約款規制法。在亞洲，近年修改的韓國反壟斷法中也增添了規制“約款”的規定。在我國，合同法也有相關規定。合同法第39條規定：“采用格式條款訂立合同的，提供格式條款的一方應當遵循公平原則確定當事人之間的權利和義務，并采取合理的方式提請對方注意免除或者限制其責任的條款，按照對方的要求，對該條款予以說明。”同時，合同法第40條還規定：“格式條款具有本法第五十二條和第五十三條規定情形的，或者提供格式條款一方免除其責任、加重對方責任、排除對方主要權利的，該條款無效。”并且，“對格式條款的理解發生爭議的，應當按照通常理解予以解釋。對格式條款有兩種以上解釋的，應當作出不利于提供格式條款一方的解釋。格式條款和非格式條款不一致的，應當采用非格式條款。”(參見合同法第41條)
值得注意的是，世界各國積極進行“約款”規制立法的目的，主要是出于保護消費者利益的考慮，即使是德國約款規制法，其適用對象也排除法人組織。不過，我國合同法對格式條款的規制對象并沒有明確規定，其適用對象應是無分別地適用于所有合同當事人。因此，由于特許經營合同具有格式條款的特征與外形，對合同條款的解釋、爭議解決時的法律適用，就應當按照合同法的相關規定進行。
另外，由于特許經營合同具有格式條款的特征，在對待特許經營合同法律效力上，應當排除兩種傾向，一是對特許經營合同的法律效力表示完全懷疑;二是認為凡是記入合同條款中的內容均是合法有效的。
首先，對于特許經營合同的法律效力而言，只要合同內容不違反我國合同法及相關法律的規定，對其法律效力進行質疑是沒有任何依據的。
其次，即使在確定合同有效性的前提下，也不能完全確定所有記入合同書的內容均是有效的。例如，對于特許經營合同中有關競業禁止的具體規定條款是否當然有效，外國判例與學說有著不同的認識。這點在合同書制作中需要多加留意。
事實上，特許經營合同很難根據某個被特許人的要求做出具體修改的原因是，特許經營合同是面向多數加盟者的，如果應某個加盟者的要求進行具體條款修改的話，那么，實際上可能意味著對其他加盟者的不公平。
在格式條款條件下，對特許人的要求則是在制作、簽訂特許經營合同中，必須遵守公平原則和誠實信用原則。也就是說，格式條款的性質決定了合同書自體對格式條款的合同制作者是有利的。因此，他必須服從法律的規制，各國目前存在的信息披露法律制度就是由此產生的。
(2)備案對格式條款效力的影響
通常，當事人簽訂合同時可能存在如下違反法律和行政法規的情形：
第一，違反法律和行政法規關于應當采用書面形式簽訂合同的規定;
第二，違反法律和行政法規關于超越經營范圍的規定;
第三，違反法律和行政法規關于合同應當報批而沒有報批的規定;
第四，違反法律和行政法規關于合同應當備案而沒有備案的規定;
第五，違反法律和行政法規有關禁止經營、限制經營、特許經營的規定。
對于上述第一項、第二項、第四項情形，不應當簡單地認定合同無效。對于第三項、第五項情形，只要當事人在簽訂合同時違反了法律和行政法規的禁止性規定，不論其情節輕重，均應認定當事人所簽合同為無效合同，并依法產生返還財產和賠償損失的法律后果。
那么，特許人不進行備案究竟將對特許經營合同的效力產生怎樣的影響呢?
對于保險條款而言，中國保險監督管理委員會《關于保險條款備案問題的復函》(保監辦函〔2002〕106號)第2條也作了明確的規定，“保險條款是否經金融監督管理部門備案，并不影響所簽訂的保險合同的效力” 。 最高人民法院判例也認為保險合同的保險條款和保險費率未報經金融監督管理部門備案，有關金融監督管理部門可以依照上述規定對保險公司予以行政處罰，但不能因此認定保險合同無效。
因此，對于特許經營合同而言，如果特許人沒有進行備案，將不會當然影響特許經營合同的有效性。只是特許人將會受到備案主管機關的行政處罰。
